Sèrie de dibuixos animats que explica les aventures que es viuen a l'Acadèmia de Ninges. Amb l'inici del nou curs, arriben tres nous alumnes: en Rantaro, en Shinbei i en Kimaru, tres nens que aviat seran nomenats nintama, alumnes de primer any. Els nois ho desconeixen gairebé tot dels ninges, només en saben allò que han pogut llegir als còmics o vist a la televisió. Tot i estar reclosos a l'acadèmia per tal d'arribar a ser bons ninges, els nois no estan gaire interessats en l'aprenentatge, prefereixen veure la tele, jugar als videojocs, tenir diners per a capricis i menjar allò que els vingui de gust. Dia a dia, a més a més de seguir l'aprenentatge ninja, amb els mestres Doi-sensei i Yamada-sensei, se les hauran amb els altres grups i clans enemics de l'acadèmia i també tindran temps d'escapar-se una estona i viure la vida, especialment estar amb les kunoichi, les noies ninges, o rebre la visita els seus familiars.